Eesti Mereinstituut loodi 3. märtsil 1992, TA Ökoloogia ja Mereuuringute Instituudi baasil.
Aastal 1996 muudeti Eesti Mereinstituut Keskkonnaministeeriumi teadusasutuseks.
Alates 2000. aastast on instituut Tartu ülikooli koosseisus, 2008. aastast kuulutakse loodus- ja täppisteaduste (LTT) valdkonna kosseisu (varasemalt bioloogia- ja geograafiateaduskond). Valdkond on tunnustatud loodusteaduste-, tehnoloogia- ning IT-alase kompetentsi keskuseks Eestis, mis seob kokku teooria, igapäevase praktika ning tulevikurakendused ja -tehnoloogiad. LTT on oma õppe- ja teadustegevuses üks rahvusvahelisemaid ja tehnoloogiliselt uuendusmeelsemaid valdkondi ülikoolis.
Instituudis tegeletakse Läänemere ökosüsteemide toimimise uurimisega, selles leiduvate veeorganismide ja -keskkonna seisundi hindamise ja prognoosimisega, mereelustiku ratsionaalse kasutamise ja bioloogilise mitmekesisuse kaitsega.
Eesti Mereinstituut teeb koostööd erinevate Eesti ministeeriumitega, valitsusväliste organisatsioonidega, ettevõtetega ja juhtivate mereuurimisasutustega Euroopas ja väljaspool.
Andmeid jääolude kohta on nende meresõitu ja kalapüüki piirava suure tähtsuse tõttu kogutud Tallinna sadamast juba 14-15. sajandil. Esimesed Läänemere kohta välja antud merekaardid pärinevad 17-18. sajandist, eesmärgiks suurendada meresõiduohutust. Esimesed andmed meretaseme muutuste kogumise kohta pärinevad 18. sajandist, vee soolsust ja temperatuuri hakati mõõtma 19. sajandil. Esimesed andmed Eesti ranniku meretaimestiku kohta on pärit 19. sajandist.
Tartu Ülikoolis töötanud Karl Ernst von Baer´i tööd kalavarudest 19. sajandil võib pidada esimeseks merekalade võimaliku ülepüügi uuringuks. Sellest alates on mereuuringuid läbi viidud erinevate ülikoolide ja asutuste koosseisus
1924. a Tartu Ülikooli Eesti veekogude uurimise komisjon
1944-1957 Üleliidulise Merekalamajanduse ja Okeanograafia Teadusliku Uurimise Instituut, VNIRO, direktor Neeme Mikelsaar. Eesti osakond tegeles kalade ja imetajate tagavarade uurimisega ja töötlemismeetodite väljaarendamisega Läänemeres, koostati kalapüügiprognoose, loodi alalised vaatluspunktid, osaleti Eesti NSV mere kalamajanduse arendamises ning viidi läbi teadustööd.
1957-1962 Läänemere Kalamajanduse ja Okeanograafia Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIRO liideti Teaduste Akadeemia Zooloogia ja Botaanika Instituudiga ning kandis nime Eesti Mereihtüoloogia Laboratoorium, juhataja Linda Rannak. Laboratooriumi ülesandeks oli hinnata Eesti vete räimevarusid. Tartu Ülikoolist tulid tööle mitmed kõrgharidusega noored, teadlased said suurema vabaduse valida ise uurimisteemasid ja teadustöid publitseerida. Alustati mere ökosüsteemide kompleksuuringutega.
1963-1972 Balti Kalamajanduse Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIIRH, Eesti Mereihtüoloogia Laboratoorium, juhataja Ivar Veldre. Koostati kalapüügiprognoose, tehti lihtsamaid zooplanktoni, bentose, primarproduktsiooni ja reostuse mõju uuringuid, okeanograafilisi ja keemilisi töid. Peamine eesmärk oli kalapüügiks info kogumine. Teadustöö tegemine vaibus.
1972-1985 Balti Kalamajanduse Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIIRHi Tallinna osakond, juhataja Olev Leino. Kalauuringud keskendusid endiselt töönduslikele kalavarudele ja püügitehnikale. Alustati rannikulähedaste varude ja kalakasvatuste võimaluste selgitamisega. Loodi biokeemia, kalade füsioloogia, ihtüopatoloogia labor. Moodustati hüdrobioloogia sektor, mis võimaldas rohkem tähelepanu pöörata põhjataimestikule, s.h. töönduslikult kasutatavale agarikule. Tallinna osakonnas alustati meresüsteemide modelleerimisega. Palju energiat pandi rahvusvaheliste sidemete loomisesse.
1985-1990 Balti Kalamajanduse Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIIRHi Tallinna osakond, direktor Mart Kangur. Arendati kalakasvatust.
1989-1992 Teaduste Akadeemia Ökoloogia ja Mereuuringute Instituut, direktor Jaan-Mati Punning. Uuringud muutusid laiapõhjaliseks, tegeledes füüsikaliste, keemiliste ja bioloogiliste protsessidega ja nende koosmõjudega. Jätkati modelleerimistöödega. Alustati mereseirega. Rahvusvahelised sidemed muutusid aktiivsemaks.
1992-1998 Teaduste Akadeemia Eesti Mereinstituut, direktor Ahto Järvik. Jätkati ökoloogiliste süsteemide baasuuringuid ning mereseiret. Tegeleti kalavarude ja võimalike saakide prognoosimisega. Instituut hakkas läbi viima eksperthinnanguid tegema ettepanekuid kalandus- ja mereökosüsteemide poliitika väljatöötamisel. Hakkas ilmuma Eesti Mereinstituudi Toimetised. Eesti sai ICES täisliikmeks.
1998-1999 Keskkonnaministeeriumi Eesti Mereinstituut, direktor Toomas Saat.
2000-2018 Tartu Ülikooli Eesti Mereinstituut, direktor Toomas Saat. Õppe- ja teadustegevus muutus intensiivsemaks, sel perioodil kaitsti suurim arv instituudiga seotud doktoritöid. Aktiivne osavõtt rahvusvahelistest projektidest, Eestisisestest rakendus- ja teadusuuringutest. Loodi mereoptika ja kaugseire osakond. Merefüüsika sektor ühines Tallinna Tehnikaülikooliga.
Alates 2018 Tartu Ülikooli Eesti Mereinstituut, direktor Markus Vetemaa
.
Parema kasutuskogemuse tagamiseks kasutame küpsiseid. TÜ välisveeb ei töötle ega kogu isikuandmeid. Välisveeb kasutab FB Pixeli ja Google Analyticsi teenust. Loe lähemalt andmekaitsetingimustest.