Tartu Ülikooli Eesti mereinstituudi välibaase kasutatakse eelkõige välitööde (nt riikliku seire, rahvusvaheliste projektide, eksperimentaalsete välitööde) läbiviimiseks. Lisaks eelmainitule toimub välibaasides hulgaliselt õppetööga seonduvaid praktikume ja teadusalaseid seminare.
Välibaase võivad kasutada lisaks Tartu Ülikooli erinevatele struktuuridele ka väljastpoolt tulevad huvilised.
Tartu Ülikooli Eesti mereinstituudi kasutada on üle Eesti viis välibaasi (vt hoonete asukohti).