Osakonnad

Tartu Ülikooli Eesti mereinstituudis on neli teemapõhist osakonda: kalabioloogia ja kalandus, kaugseire ja mereoptika, merebioloogia, meresüsteemid ning lisaks Pärnu osakond. Kalabioloogia ja kalanduse osakonna juures tegutseb ka Kalanduse teabekeskus. Korrastamaks eestikeelset kalateaduse oskussõnastikku, alustas Tartu Ülikooli Eesti mereinstituudi juures 2014. aastal tööd ihtüoloogilise terminoloogia komisjon.