Tartu Ülikooli Eesti mereinstituudis on neli teemapõhist osakonda: kalabioloogia ja kalandus, kaugseire ja mereoptika, merebioloogia, meresüsteemid.
Korrastamaks eestikeelset kalateaduse oskussõnastikku, alustas Tartu Ülikooli Eesti mereinstituudi juures 2014. aastal tööd ihtüoloogilise terminoloogia komisjon.