TÜ Eesti mereinstituut on kaasaegne teadusasutus, kus jätkatakse Eesti mereuuringute pikka traditsiooni ja tegeletakse valdkonna arendamisega nii Eestis kui kogu Läänemere regioonis. Tegemist on Eesti suurima mereuuringuid teostava organisatsiooniga, mis on regionaalseks sihiseadjaks paljudes mereuuringute valdkondades. Uurimisteemad ulatuvad merevee füüsikast bioloogiani, omades enamustes valdkondades Eesti jaoks unikaalset oskusteavet ja kvalifikatsiooni.
Viimastel aastakümnetel on Eesti mereinstituut tõstnud Eesti teaduse tuntust nii Läänemere piirkonnas kui laiemalt Euroopas ja mujal maailmas. Olles oma olemuselt väga rahvusvaheline, on loomulik, et kaasaegsed mereuuringud teostatakse kõrgel tasemel ja tihedas koostöös spetsialistidega teistest Läänemere äärsetest riikidest ja kaugemaltki. Eesti mereteadlaste edu rahvusvahelisel tasemel väljendub nii kõrgetasemelistes teaduspublikatsioonides kui ka osalemises rahvusvahelistes projektides. Samas moodustab suure osa mereinstituudi tegevusest ka kohalike, Eesti jaoks tähtsate teadusprobleemide lahendamine, merekeskkonna seire ja rakendusuuringute läbiviimine.
TÜ Eesti mereinstituut koosneb viiest osakonnast (merebioloogia, kalabioloogia ja kalanduse, kaugseire ja mereoptika, meresüsteemid, Pärnu) koos nelja laboriga (kalabioloogia, hüdrokeemia, merebioloogia, Pärnu). Välitöid viiakse regulaarselt läbi viies välibaasis (Kõiguste, Kihnu, Käsmu, Praaga, Matsalu).
Eesti mereinstituudis tegeletakse Läänemere ökosüsteemide toimimise uurimisega, selles leiduvate veeorganismide ja -keskkonna seisundi hindamise ja prognoosimisega, mereelustiku ratsionaalse kasutamise ja bioloogilise mitmekesisuse kaitsega.
Eesti mereinstituut teeb koostööd erinevate Eesti ministeeriumite, valitsusväliste organisatsioonide, ettevõtete ning juhtivate mereuurimisasutustega Euroopas ja väljaspool.
TÜ Eesti mereinstituut on õppebaasiks merebioloogilise suunitlusega üliõpilastele ja kraadiõppuritele.
Tartu Ülikooli Eesti mereinstituut loodi 3. märtsil 1992, TA Ökoloogia ja Mereuuringute Instituudi baasil.
Aastal 1996 muudeti TÜ Eesti mereinstituut Keskkonnaministeeriumi teadusasutuseks.
Alates 2000. aastast on Eesti mereinstituut Tartu Ülikooli koosseisus.
2008. aastast kuulutakse loodus- ja täppisteaduste (LTT) valdkonna koosseisu (varasemalt bioloogia- ja geograafiateaduskond). Valdkond on tunnustatud loodusteaduste-, tehnoloogia- ning IT-alase kompetentsi keskuseks Eestis, mis seob kokku teooria, igapäevase praktika ning tulevikurakendused ja -tehnoloogiad. LTT on oma õppe- ja teadustegevuses üks rahvusvahelisemaid ja tehnoloogiliselt uuendusmeelsemaid valdkondi ülikoolis.
Andmeid jääolude kohta on nende meresõitu ja kalapüüki piirava suure tähtsuse tõttu kogutud Tallinna sadamast juba 14-15. sajandil. Esimesed Läänemere kohta välja antud merekaardid pärinevad 17-18. sajandist, eesmärgiks suurendada meresõiduohutust. Esimesed andmed meretaseme muutuste kogumise kohta pärinevad 18. sajandist, vee soolsust ja temperatuuri hakati mõõtma 19. sajandil. Esimesed andmed Eesti ranniku meretaimestiku kohta on pärit 19. sajandist.
Tartu Ülikoolis töötanud Karl Ernst von Baer´i tööd kalavarudest 19. sajandil võib pidada esimeseks merekalade võimaliku ülepüügi uuringuks. Sellest alates on mereuuringuid läbi viidud erinevate ülikoolide ja asutuste koosseisus.
1924. a Tartu Ülikooli Eesti veekogude uurimise komisjon.
1944-1957 Üleliidulise Merekalamajanduse ja Okeanograafia Teadusliku Uurimise Instituut, VNIRO, direktor Neeme Mikelsaar. Eesti osakond tegeles kalade ja imetajate tagavarade uurimisega ja töötlemismeetodite väljaarendamisega Läänemeres, koostati kalapüügiprognoose, loodi alalised vaatluspunktid, osaleti Eesti NSV mere kalamajanduse arendamises ning viidi läbi teadustööd.
1957-1962 Läänemere Kalamajanduse ja Okeanograafia Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIRO liideti Teaduste Akadeemia Zooloogia ja Botaanika Instituudiga ning kandis nime Eesti Mereihtüoloogia Laboratoorium, juhataja Linda Rannak. Laboratooriumi ülesandeks oli hinnata Eesti vete räimevarusid. Tartu Ülikoolist tulid tööle mitmed kõrgharidusega noored, teadlased said suurema vabaduse valida ise uurimisteemasid ja teadustöid publitseerida. Alustati mere ökosüsteemide kompleksuuringutega.
1963-1972 Balti Kalamajanduse Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIIRH, Eesti Mereihtüoloogia Laboratoorium, juhataja Ivar Veldre. Koostati kalapüügiprognoose, tehti lihtsamaid zooplanktoni, bentose, primarproduktsiooni ja reostuse mõju uuringuid, okeanograafilisi ja keemilisi töid. Peamine eesmärk oli kalapüügiks info kogumine. Teadustöö tegemine vaibus.
1972-1985 Balti Kalamajanduse Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIIRHi Tallinna osakond, juhataja Olev Leino. Kalauuringud keskendusid endiselt töönduslikele kalavarudele ja püügitehnikale. Alustati rannikulähedaste varude ja kalakasvatuste võimaluste selgitamisega. Loodi biokeemia, kalade füsioloogia, ihtüopatoloogia labor. Moodustati hüdrobioloogia sektor, mis võimaldas rohkem tähelepanu pöörata põhjataimestikule, s.h. töönduslikult kasutatavale agarikule. Tallinna osakonnas alustati meresüsteemide modelleerimisega. Palju energiat pandi rahvusvaheliste sidemete loomisesse.
1985-1990 Balti Kalamajanduse Teadusliku Uurimise Instituut, BaltNIIRHi Tallinna osakond, direktor Mart Kangur. Arendati kalakasvatust.
1989-1992 Teaduste Akadeemia Ökoloogia ja Mereuuringute Instituut, direktor Jaan-Mati Punning. Uuringud muutusid laiapõhjaliseks, tegeledes füüsikaliste, keemiliste ja bioloogiliste protsessidega ja nende koosmõjudega. Jätkati modelleerimistöödega. Alustati mereseirega. Rahvusvahelised sidemed muutusid aktiivsemaks.
1992-1998 Teaduste Akadeemia Eesti Mereinstituut, direktor Ahto Järvik. Jätkati ökoloogiliste süsteemide baasuuringuid ning mereseiret. Tegeleti kalavarude ja võimalike saakide prognoosimisega. Instituut hakkas läbi viima eksperthinnanguid tegema ettepanekuid kalandus- ja mereökosüsteemide poliitika väljatöötamisel. Hakkas ilmuma Eesti Mereinstituudi Toimetised. Eesti sai ICES täisliikmeks.
1998-1999 Keskkonnaministeeriumi Eesti Mereinstituut, direktor Toomas Saat.
2000-2018 Tartu Ülikooli Eesti mereinstituut, direktor Toomas Saat. Õppe- ja teadustegevus muutus intensiivsemaks, sel perioodil kaitsti suurim arv instituudiga seotud doktoritöid. Aktiivne osavõtt rahvusvahelistest projektidest, Eestisisestest rakendus- ja teadusuuringutest. Loodi mereoptika ja kaugseire osakond. Merefüüsika sektor ühines Tallinna Tehnikaülikooliga.
Alates 2018 Tartu Ülikooli Eesti mereinstituut, direktor Markus Vetemaa.
Kasutatud materjalid: E. Ojaveer, Eesti mereteaduse ajalugu, 2012