Eesti mereinstituudis tegeletakse mere ökosüsteemide toimimise uurimisega, selles leiduvate veeorganismide ja -keskkonna seisundi hindamise ja prognoosimisega, bioloogilise mitmekesisuse kaitsega.
Kaugseire ja mereoptika osakonna tegevuse põhisuunad on seotud optiliselt keerukate ranniku- ja sisevete jaoks sobivate kaugseire meetodite väljatöötamise, nende meetodite rakendamisega keskkonnaseire
Merebioloogia osakonnas tegeletakse Läänemere ja ookeanide mereelustiku bioloogiliste, funktsionaalsete ja taksonoomiliste baas- ja rakendusuuringutega.
Eesti kalandussektoris on seni puudunud ühtne nõustamis- ja teabesüsteem, kuhu pöördudes saaks ranna- või traalikalur, kala töötlemisega tegelev väike- või mikroettevõtja, kala- või vähikasvataja nõu.