Eesti mereinstituudis tegeletakse mere ökosüsteemide toimimise uurimisega, selles leiduvate veeorganismide ja -keskkonna seisundi hindamise ja prognoosimisega, bioloogilise mitmekesisuse kaitsega.
Eesti mereinstituudi raamatukogu on Eesti parim merevaldkonna teoseid omav raamatukogu, mis püüab võimalikult täiuslikult komplekteerida Eesti siseveekogusid ja Läänemerd hõlmavaid publikatsioone.