TÜ Eesti mereinstituut omab nii keemia- kui bioloogilisi laboreid erinevate analüüside teostamiseks, erialast raamatukogu, sukeldumis- ja proovikogumisvõimekust, uurimislaevasid ja väiksemaid aluseid.
TÜ Eesti mereinstituudi Kalabioloogia ja kalanduse osakonna laboris Tartus saab teostada kalade vanust registreerivate struktuuride (otoliidid, soomused, erinevad luud) prepareerimist.
TÜ Eesti mereinstituudi Merebioloogia osakonna hüdrokeemia labor on Eesti Akrediteerimiskeskuse poolt akrediteeritud katselabor, mis viib läbi mere-, pinna ja reovee keemilisi analüüse.